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从墓地回去后，鸣人就被纲手找到，对于四代雷影的事情，纲手打算让鸣人自己决定。
木叶的最高级监狱里，鸣人在纲手和自来也的陪同下来到这里探监。
看着眼前这个杀死了自己的卓玛叔叔的仇人，鸣人有那么一瞬间想要就这样了结了他的性命。
只不过最终鸣人选择了放过四代雷影。
在看完了柱间的记忆后，鸣人的很多想法有了改变，在哪个战乱的年代，忍者家族之间为什么会一直战斗，究其原因，也只是因为双方家族在很久以前就已经结下了仇恨，然后一次又一次的打着复仇的名号开战。
所以鸣人想，如果忍村之间能够放下仇恨，那么战争就或许不会发生了，就不会有那么多人战死了。
于是鸣人选择了放过四代雷影。
“我不想因为报仇的事情，让木叶和云忍陷入复仇的循环，因为这份和平是木叶的同伴们用性命换回来的，的确杀了你能为卓玛叔叔报仇，那样的话，那样的话，三代爷爷，木叶丸，还有青阿姨都会感到很解恨吧，但是你也一样有兄弟，家人，孩子，如果现在我杀了你，那么今后他们会同样的来找我，找木叶复仇，那个时候战争又来了，然后又会有无数同伴死在战场上，所以我选择放了你，因为我要斩断战争的源头，然后留住来之不易和平！”
留下这样一段话后，鸣人找到了由木人，直到现在他都还以为由木人和他和我爱罗是一样的，所以他要拯救由木人。
然而结局很尴尬，因为由木人在云忍的遭遇并没有鸣人想象的那么糟糕，想反过得还很滋润。
不过最终由木人还是接受了鸣人，和鸣人成为了朋友，因为之前鸣人和四代雷影说的那段话她听见了。
鸣人离开后，纲手和四代雷影就在牢房里谈判了一下关于云忍战败后的事情。
最终四代雷影付出了很多代价才被纲手释放回村，至于具体是什么代价就不解释了，总之就是割地赔款之类的。
四代雷影和由木人离开前单独的来找了鸣人一下。
训练场，四代雷影看着因为训练后变得有些疲惫的鸣人有些感慨。
他承认，之前鸣人的话对他的触动很大，所以他留下了一份云忍的忍体术修炼卷轴给鸣人，同时说道“等你小子当上了火影后，记得请我喝一杯。”
收下卷轴后，鸣人笑道“那就说定了，雷影大叔！”
一旁的由木人走了上来，伸出拳头对着鸣人说道“鸣人，伸出你的拳头。”
见状鸣人有些不理解的问道“嗯，怎么了？”
“行了，快点吧，那家伙有东西给你。”
“那家伙，二尾？”鸣人先是一愣，随后反应了过来由木人说的是二尾，于是他伸出了自己的拳头和由木人的拳头碰在了一起。
“嗯？”鸣人体内，柱间明显的感觉到有一股新的力量进入了鸣人的身体中，随后柱间看到一头二尾出现在了他们所在的空间。
随着二尾的出现，九尾突然开口道“没想到，你居然是第一个这么做的。”
二尾先是有些诧异，因为鸣人体内似乎有太多人了吧，而且都不是什么小角色！
似乎是看出了二尾的心思，九尾开口道“放心吧，他们不会对你怎么样，只要你老实点待在这里就好了。”
闻言二尾松了一口气，然后开口道“守鹤没进来吗？”
九尾打了个哈欠说道“谁知道笨蛋狸猫在想什么。”
……
四代雷影和由木人离开后的第三天，木叶迎来了雾忍的使者。
因为四代水影战死，连带着三尾也死了，雾忍现在的实力可谓是大打折扣，所以新上任的五代水影照美冥决定和木叶结盟，一来是为这次战争做出赔偿，二来也是希望拉拢木叶，好让雾忍度过现在的这个困难时期。
对于照美冥的来意，纲手表示同意，于是木叶和雾忍在商谈了一周后签署了战争赔款条约和同盟条约。
最终这场大战只有岩忍村身而退，而且还从云忍那里捞到不少好处，这让大野木笑的腰都闪了……
战争结束后，鸣人的修炼变得更加努力了，因为在这次战争中他无意识的用出了木遁，所以他现在的主攻就是木遁，仙术和九尾查克拉的控制。
没办法普通状态下的鸣人仍然无法成功使用木遁，单纯的仙人模式下鸣人能够用出木遁，但是能使用出来的术并不多，因为木遁消耗的仙术查克拉实在是过于庞大，就鸣人现在的仙人模式状况，他最多只能用出明神门这个比较有威力的术，树界降临，木龙之术，木人之术什么的根本用不了，唯有在仙术九尾查克拉模式下鸣人才能用出这些威力强大的木遁，不过鸣人现在也就能在仙术九尾查克拉模式下使用一次树界降临，然后从九尾哪里得到的查克拉就会消耗空。
因为鸣人还没得到九尾的认可，所以九尾没有完的将查克拉借给鸣人，现在鸣人能自由使用的也就一根尾巴的查克拉量。
而跟着鸣人一起来训练的小酷哥佐助在见识到鸣人已经如此强大后，被狠狠的刺激了一下，然后他也开始了拼命的修炼。
当佐助一次又一次被鸣人的分身击败后，他的写轮眼终于是开眼了，而且还是二勾玉写轮眼，这让年仅九岁的佐助成为了宇智波一族的希望。
最后三代从纲手那里得知鼬的事情后决定收佐助为徒，亲自指导佐助的修炼。
在修炼过程中，因为佐助觉醒了雷属性，所以鸣人将四代雷影给他的云忍忍体术修炼卷轴给了三代，希望他好详细的解析一下这种修炼方式，然后教授给佐助。
对此三代自然没意见，如今他也知道自己不适合上战场了，村子里大小事务又有纲手做主，所以他现在一门心思都放在了忍者学校上，他希望将他毕生所学都教授给忍校里那些优秀的孩子们。
战争彻底结束三个月后，自来也离村了，他决定去搜集有关晓的情报，这次宇智波一族的真相只有他，纲手，三代，宇智波美琴，宇智波泉以及谋划了宇智波一族悲剧的团藏知道，对于这个只来了七个人就灭了宇智波一族的神秘组织木叶很担心。
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